蛋白质是骆驼乳的重要营养物质，骆驼乳蛋白质的消化吸收率一般为97%-98%，属完全蛋白。骆驼乳中含有人体必需的8中氨基酸，比例适当，且氨基酸的含量较高。
 
　　骆驼乳中不含或含少量β-乳球蛋白，这种蛋白质不易被人体消化，是部分人群的过敏源，因此饮用骆驼乳不会发生过敏现象。另外，骆驼乳中富含保护性蛋白，这可以用来解释为什么骆驼乳在炎热的其后和没有低温贮藏的条件下，可以保存7天不变酸，也可以在一些国家将骆驼乳用来治疗胃溃疡和腹泻及辅助治疗肝病等传染性疾病提供理论依据。

 
       联合国粮农组织（FAO）和世界卫生组织（WHO）曾经提出理想蛋白质中必须氨基酸含量以及对1岁儿童的推荐量（1991年）。与之相比，骆驼乳蛋白质中的必须氨基酸含量高于FAO/WHO的推荐量，由此可认为，骆驼乳是营养价值比较高的食品之一，饮用骆驼乳能满足人类的营养需要。
 
       骆驼奶中含有不存在于牛乳中的两种蛋白质，这两种蛋白质是特异性重链抗体（ＶＨＨ），这也是骆驼独特的生理特征。